Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, a été publié le 31 juillet 2026. Ce décret controversé qui avait recueilli un avis défavorable au Conseil commun de la fonction publique, entrera progressivement en vigueur :
- au 1er août 2026 pour le temps partiel thérapeutique (TPT)
- au 1er septembre 2026 pour les arrêts maladie
Utilisation obligatoire du certificat de travail sécurisé
A compter du 1er septembre 2026, les arrêts de travail devront être établis via un formulaire Cerfa sécurisé.
Limitation de la durée des arrêts maladie
A compter du 1er septembre 2026 :
- la durée d’un arrêt maladie ne pourra plus dépasser 31 jours (pour la première prescription) ;
- chaque prolongation d’arrêt ne pourra pas dépasser 62 jours.
De plus, pour la prolongation d’un arrêt maladie, il sera obligatoire de recourir au professionnel de santé qui a prescrit l’arrêt initial (sauf indisponibilité de ce prescripteur ou impossibilité d’y recourir).
Ces règles seront également avec les règles applicables aux salariés du privé.
Renforcement des contrôles administratifs
A partir du 1er septembre 2026, les employeurs pourront diligenter des contrôles de présence au domicile (ou au lieu de repos s’il est différent), lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire.
La rémunération de l’agent pourra être suspendue en cas de refus ou d’absence injustifiée.
Quelques avancées
- En première année de congé de longue maladie (CLM) ou de congé de grave maladie, les agents publics continueront de bénéficier de la majoration ou de l’indexation liée à leur affectation outre-mer dans les mêmes proportions que leur traitement.
- Les agents dans l’attente de l’attribution d’un congé de longue maladie (CLM) ou de longue durée (CLD) alors qu’ils sont en fin de droits à congé maladie ordinaire auront droit à une indemnité d’attente. Cette mesure permet d’éviter la discontinuité de prise en charge qui peut arriver dans certains cas où l’avis du conseil médical peut tarder à intervenir.
- Enfin, les agents bénéficieront de la possibilité de commencer ou de poursuivre une formation durant un congé pour raisons de santé, sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé.
Nouvelle procédure d’autorisation pour le Temps partiel thérapeutique (TPT)
A compter du 1er août 2026, pour toute demande de TPT, initiale ou de renouvellement, de nouvelles règles s’appliquent :
– l’employeur dispose d’un délai maximal de 30 jours à compter de la réception de la demande pour statuer sur celle-ci. En revanche, dans les cas d’une reprise d’activité après un congé maladie long, la mise en place du TPT se fera sans délai ;
– l’employeur doit solliciter l’avis d’un médecin agréé s’il envisage de refuser une demande d’autorisation pour raison médicale ;
– il peut également refuser cette demande pour des nécessités liées au fonctionnement du service, mais ne peut le faire qu’après un entretien avec l’agent concerné et son refus doit être motivé ;
– le TPT peut être prescrit pour une durée pouvant aller jusqu’à 1 an sans périodicité obligatoire ;
– un contrôle médical peut être demandé par l’employeur à tout moment, lors de l’octroi du TPT, de son renouvellement ou en cours de TPT. Si l’agent refuse ce contrôle ou est absent sans justification lors de ce contrôle, le TPT est refusé ou il est mis fin au TPT en cours ;
– lorsque l’agent conteste les conclusions du médecin agréé en cours de TPT, ses droits à TPT sont maintenus jusqu’à ce que le conseil médical ait rendu son avis.